科研成果

科研成果

 

2023716日,金沙集团wwW3354CC尚富德团队在Molecular Ecology Resources(中科院一区TOPIF=7.7)在线发表科研论文Phylogenomic and syntenic data demonstrate complex evolutionary processes in early radiation of the rosids”,揭示了被子植物超蔷薇类在早期辐射演化中复杂的进化历程。


超蔷薇类约占所有被子植物的四分之一以上,包含虎耳草目、葡萄目和核心蔷薇类(16个目)。超蔷薇类植物具有显著的形态和生态多样性,包括许多重要的农作物、水果以及林木,具有重要的经济价值与观赏价值。尽管超蔷薇类长期以来一直是系统发育研究的焦点,但一些植物类群的系统位置目前仍存在争议,主要集中在:1)超蔷薇类的基部类群问题;2COM支系是否为单系以及其归属问题;3)牻牛儿苗目、缨子木目、蒺藜目、桃金娘目和腺椒树目之间的系统发育关系。


该研究首先基于NanoporeHi-C测序技术对超蔷薇类虎耳草科代表物种黄水枝进行了高质量组装,获得了该科的第一个参考基因组。通过全基因组加倍事件(WGD)分析,确定黄水枝与葡萄一样,在进化过程中只经历过一次全基因组加倍事件,即核心双子叶植物共同祖先经历的γ古六倍化事件。超蔷薇类植物共线性模块结果表明,在虎耳草目、葡萄目与核心蔷薇类中分别检测到14,67515,83321,326个共线性模块,虎耳草目与核心蔷薇类独享1,433个共线性模块,而葡萄目与核心蔷薇类独享990个共线性模块,表明虎耳草目与核心蔷薇类具有更近的亲缘关系。最后,基于被子植物Mega353数据集,从超蔷薇类代表类群中筛选到了122个共享的单拷贝核基因,基于溯祖法和串联法重建了超蔷薇类系统发育树。结果表明,葡萄目应为超蔷薇类植物的基部类群,卫矛目、酢浆草目、金虎尾目(COM分支)并不是单系类群且应归入锦葵类(malvids)分支中,豆类分支(fabids)只包括固氮支系(含豆目、葫芦目、蔷薇目和壳斗目),缨子木目、牻牛儿苗目、桃金娘目和蒺藜目既不属于豆类,也不属于锦葵类。该研究结果与基于细胞质分子标记的被子植物系统发育组(APG IV)的结果出现多处不一致现象,进一步分析表明谱系不完全分选与辐射进化共同造成了这些不一致。


金沙集团wwW3354CC尚富德团队的刘路贤副教授、2020级硕士研究生陈梦真与美国密西西比州立大学Ryan A. Folk博士为该论文的共同第一作者,浙江大学金沙集团wwW3354CC李攀副教授为论文的通讯作者。金沙集团wwW3354CC尚富德教授、浙江大学博士生王媚臻、西北农林科技大学赵涛教授以及美国科学院院士、佛罗里达大学Douglas E. Soltis教授为论文的共同作者。该研究得到了国家自然科学基金、金沙集团wwW3354CC生物学一流学科建设经费的资助。


 

论文原文链接:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.13833

地址:河南省开封市金明大道

邮编:475004

总机号码:0371-23887799

Copyright @ 2018 All Right Reserved 中国·金沙集团-www.3354cc.com|官网-Made in China 版权所有